A klub a KFC Winterslag és a K Waterschei SV Thor Genk 1988-as egyesülésével jött létre. Az egyesülés után az új klub a Winterslag jogán az élvonalban indult, de az utolsó helyen végezve kiesett. A következő évben visszajutott, és ezt követően négy idényen keresztül az első osztályban szerepelt. 1995-ben lett a csapat vezetőedzője Aimé Anthuenis, akivel újra az élvonalba került a Genk. 1997-ben nyolcadik, egy évre rá már ezüstérmes lett a bajnokságban. Ugyanebben az évben megnyerte a belga kupát is. A nemzetközi kupákban töltött első idényben különösen az MSV Duisburg elleni hazai, 5-0 arányú győzelem emelkedett ki, és miután a spanyol RCD Mallorca ellen is csak idegenben szerzett kevesebb gól miatt esett ki, az egész sorozatban veretlen maradt. Az idény végén a Genk megnyerte a bajnokságot is, Aimé Anthuenis pedig távozott a rivális Anderlecht csapatához.

Az 1999-2000-es idényben a Bajnokok Ligájában a szlovén NK Maribor már a selejtezőben búcsúztatta a csapatot, és bár újra kupagyőztes lett, az idény végén a bajnokságban a 9., egy évre rá a 11. helyen végzett. A 2001-2002-es bajnokságot azután újra a Genk csapata nyerte, így ismét esélye nyílott, hogy bejuthasson a Bajnokok Ligájába, és ez a cseh Sparta Praha elleni selejtező során, idegenben szerzett több góllal sikerült is. A csoportküzdelmekben végül négy döntetlennel és két vereséggel végzett és a csoport utolsójaként (a Real Madrid, AS Roma és az AEK Athén mögött) kiesett.

A 2006-2007-es szezonban a klub szinte végig vezette a bajnokságot, végül egy Germinal Beerschot elleni váratlan vereség miatt az Anderlecht lett bajnok.

2008-ban egy kiábrándító 10. helyezés után szerződtették Ronny Vangeneugdent és számos új játékost (többek között Tőzsér Dánielt is), és bár a bajnokságban újra nem sikerült a legjobbak közé kerülni (8. hely), de sikerült megszerezni a klub harmadik kupagyőzelmét.

2011-ben a KRC Genk harmadszor hódította el a belga bajnoki címet. Ennek köszönhetően a Bajnokok Ligájában indult a csapat, és a Partizant, majd a Maccabi Haifát kiejtve a főtáblára jutott, ahol a Bayer Leverkusen (1–1), a Chelsea (1–1) és a Valencia (0–0) sem tudta legyőzni hazai pályáján, igaz, idegenben viszont még gólt sem szereztek a belgák (0–2, 0–5, illetve 0–7).

A 2012–2013-as Európa Ligát a harmadik selejtezőkörben kezdték a belgák, az Aktobét oda-vissza megverték 2–1-re, majd a Luzern ellen 3–2-vel (2–0, 1–2) jutottak tovább.

2007-2011 között a belga csapat játékosa volt Tóth Balázs, aki az utolsó szezont már a holland Venlónál töltötte kölcsönben. 2009 óta pedig a belga csapat kapusa az a Köteles László, aki 2002-2004 között a Vidi keretének tagja volt.

(Fotó: krcgenk.be)