A klubot 1923-ban alapították, és többszöri névváltoztatás után, végül 1936-ban kapta meg a ma is használt Lokomotiv Moszkva nevet. Legnagyobb sikereit a 2000 évek elején érte el, 2002-ben és 2004-ben is megnyerte az orosz bajnokságot. A Lokomotiv mostanáig összesen nyolc alkalommal hódította el az Orosz (korábban Szovjet) Kupát, utoljára a 2014-15-ös szezonban, valamint kétszer nyert Orosz Szuperkupát.

A csapat összértéke a transfermarkt.com szerint 57,5 millió euró, legdrágább játékosuk pedig a 7 millió euró értékű horvát középhátvéd, Vedran Corluka, a csapat kapitánya. A Lokomotivot jelenleg orosz szakember, Yuri Semin irányítja. Az orosz Premjer Ligában tizedik az együttes 17 fordulót követően. 

A Lokomotiv Moszkva a tavalyi szezonban hatodikként, előtte ötödikként zárta bajnokságot. Az Európa Ligában a 2015-2016-os szezonban szerepelt utoljára, akkor meg is nyerte csoportját a portugál Sporting CP, a török Besiktas és az albán Skenderbeu előtt, végül a 16 közé jutásért a török Fenerbahce ellen, összesítésben 3-1 arányban maradt alul.